除了无土栽培，大多数采用水肥一体化的农场都还是施底肥的。
底肥采用有机肥和复合肥为生长前期的养分，有机肥可以改良土壤，复合肥有缓释作用，提高后劲。
水肥速效，适宜作为追肥，适宜在生长期采取少量多餐的方式施用。水肥用多了，会导致土壤/基质盐碱化，板结化，贫瘠化。
作物的追肥都是有最佳追肥期的，比如菜心，在抽薹期重点追肥最好，番茄在花期和坐果期追最好，因此前期的时候可以由底肥提供养分，后期水肥追肥提供后劲。

现阶段的水肥一体化强调的是补充施肥，就是作物生长阶段适当的补充营养。

如果说不在施用底肥，强调的是肥，可以理解为水溶肥，作物全程营养的概念。

现在国外已经有尝试不使用底肥，完全施用水溶肥，当然必须使用水肥一体化技术配合，也就是说基本上1-2天就补充一次肥料和水分。可参考基质栽培（岩棉/椰糠）。完全没有底肥。